Biota grzybów związana z siewkami dębu (2020-2022)
Date
2024
Authors
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Depositor
Publisher
Abstract
Razem czy osobno – różnorodność zbiorowisk grzybów a sposób odnowienia dębu.
Regeneracja dębu (Quercus spp.) powstaje na drodze naturalnej lub sztucznej. W przypadku regeneracji sztucznej wyróżniamy siew lub sadzenie sadzonek przez człowieka. Sprzymierzeńcami w powstaniu naturalnego odnowienia są zwierzęta. Szczególną rolę w tym procesie odgrywają ptaki. W Europie, sójki euroazjatyckie są głównymi rozsiewaczami nasion dębu. Rozprzestrzenianie nasion przez ptaki odgrywa kluczową rolę w tworzeniu nowych siedlisk dla roślin, umożliwiając im osiedlanie się w różnych obszarach w tym siedliskach nieleśnych i w tradycyjnych krajobrazach rolniczych. Wpływ zróżnicowania zbiorowisk roślinnych na mikrobiotę roślin oraz funkcje troficzne grzybów w relacjach z roślinami są obszarami badawczymi, które wymagają głębszej analizy. Celem było określenie zależności między miejscem wzrostu sadzonek dębu a różnorodnością zbiorowisk grzybów towarzyszącym korzenią z uwzględnieniem funkcji pełnionej przez poszczególne taksony w środowisku. Analizę taksonomiczną zbiorowisk przeprowadzono w oparciu o region ITS1, z wykorzystaniem sekwencjonowania systemem ILLUMINA. Bibliotekę OTU stworzono w oparciu o baze referencyjną NCBI.
Description
Zdeponowany skoroszyt Excel zawiera wyniki analizy zbiorowisk grzybów. W wyniku przeprowadzonej analizy utworzono biblioteki OTU dla prób pochodzących z korzeni, liści, żołędzi oraz gleby. Biblioteki OTU stworzono w oparciu o region ITS po sekwencjonowaniu systemem Illumina. Są one po wstępnej analizie bioinformatycznej polegającej na sprawdzeniu jakości sekwencji, usunięciu adapterów, przypisaniu pozycji taksonomicznej w oparciu o referencyjną bazę danych NCBI. Z bibliotek usunięto sekwencje należące do innych organizmów niż grzyby i grypopodobne. Przypisane zostały również funkcje troficzne w oparciu o bazę FungalTraits.
Arkusz Korzenie zawiera biblioteki OTU dla 76 prób i zawiera dane dotyczące 3091 OTU
Arkusz Liscie zawiera biblioteki OTU dla 74 prób i zawiera dane dotyczące 2006 OTU.
Arkusz gleba zawiera biblioteki OTU dla 28 prób i zawiera dane dotyczące 4172 OTU.
Arkusz zołędzie zawiera biblioteki OTU dla 20 prób i zawiera dane dotyczące 520 OTU.
Keywords
Fungal biota, Mycorrhizal fungi, Parasitic fungi, Endophytic fungi, Oak seedlings, Soil fungi
Related publications
The license associated with this item
Attribution-ShareAlike 3.0 Poland
Research funding institutions
Narodowe Centrum Nauki
Type
processed dataset