Biota grzybów związana z siewkami dębu (2020-2022)
Date
2024
Authors
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Depositor
Publisher
Abstract
Razem czy osobno – różnorodność zbiorowisk grzybów a sposób odnowienia dębu.
Regeneracja dębu (Quercus spp.) powstaje na drodze naturalnej lub sztucznej. W przypadku regeneracji sztucznej wyróżniamy siew lub sadzenie sadzonek przez człowieka. Sprzymierzeńcami w powstaniu naturalnego odnowienia są zwierzęta. Szczególną rolę w tym procesie odgrywają ptaki. W Europie, sójki euroazjatyckie są głównymi rozsiewaczami nasion dębu. Rozprzestrzenianie nasion przez ptaki odgrywa kluczową rolę w tworzeniu nowych siedlisk dla roślin, umożliwiając im osiedlanie się w różnych obszarach w tym siedliskach nieleśnych i w tradycyjnych krajobrazach rolniczych. Wpływ zróżnicowania zbiorowisk roślinnych na mikrobiotę roślin oraz funkcje troficzne grzybów w relacjach z roślinami są obszarami badawczymi, które wymagają głębszej analizy. Celem było określenie zależności między miejscem wzrostu sadzonek dębu a różnorodnością zbiorowisk grzybów towarzyszącym korzenią z uwzględnieniem funkcji pełnionej przez poszczególne taksony w środowisku. Analizę taksonomiczną zbiorowisk przeprowadzono w oparciu o region ITS1, z wykorzystaniem sekwencjonowania systemem ILLUMINA. Bibliotekę OTU stworzono w oparciu o baze referencyjną NCBI.
Description
Zdeponowany skoroszyt Excel zawiera wyniki analizy zbiorowisk grzybów. W wyniku przeprowadzonej analizy utworzono biblioteki OTU dla prób pochodzących z korzeni, liści, żołędzi oraz gleby. Biblioteki OTU stworzono w oparciu o region ITS po sekwencjonowaniu systemem Illumina. Są one po wstępnej analizie bioinformatycznej polegającej na sprawdzeniu jakości sekwencji, usunięciu adapterów, przypisaniu pozycji taksonomicznej w oparciu o referencyjną bazę danych NCBI. Z bibliotek usunięto sekwencje należące do innych organizmów niż grzyby i grypopodobne. Przypisane zostały również funkcje troficzne w oparciu o bazę FungalTraits.
Arkusz Korzenie zawiera biblioteki OTU dla 76 prób i zawiera dane dotyczące 3091 OTU
Arkusz Liscie zawiera biblioteki OTU dla 74 prób i zawiera dane dotyczące 2006 OTU.
Arkusz gleba zawiera biblioteki OTU dla 28 prób i zawiera dane dotyczące 4172 OTU.
Arkusz zołędzie zawiera biblioteki OTU dla 20 prób i zawiera dane dotyczące 520 OTU.
Keywords
Fungal biota, Mycorrhizal fungi, Parasitic fungi, Endophytic fungi, Oak seedlings, Soil fungi
Related publications
The license associated with this item
Attribution 4.0 International
Research funding institutions
Narodowe Centrum Nauki
Type
processed dataset